本校は、明治５年８月の学制発布を受け、同年１０月１７日前大津郷校を深川小学校と改称して創立された。当時の校舎は正明る市５区（元近松座付近）にあったが、その後、正明市大工地（１区天野病院西）を経て明治２４年に現在地に移っている。その間、校名も深川尋常小学校、深川尋常高等学校、深川国民学校と数度の変遷の後、昭和２２年４月１日から現在の深川小学校となり、長門市随一の規模と古い歴史をもった学校である。
初代校長には、萩明倫館に学び大学者で徳行に篤い普喜齋氏を迎え、いち早く本県の教則による教育を開始し、授業机、椅子、塗板の導入等近代的な学校教育体制への基礎が確立された。以来、歴代諸先生、先輩諸氏の御努力により、学習指導、道徳教育、人権教育等に多くの成果を挙げるとともに、長門教育の牽引役としての役割を担うなど初等教育の使命を果たしてきた。
２年余りの工事期間を経て、平成２３年１０月３日から新校舎で授業を始めた。今後は、子どもたちにとって安心・安全な環境づくりをめざし、家庭・地域・学校の三者が一体となり、深川中学校との連携・一貫を重視した教育活動を展開していきたい。
また、校訓三気を改めて教育活動と関連させながら、学びの土台づくりと意志ある学びづくりを大切にした教育を推進していきたいと考える。